今回の住宅ローン減税最大の柱である「住宅・土地税制」。不動産市場の活性化を目的に、土地の売却利益に非課税枠を設けるという制度も導入されています。
なお、2009年3月末に終了予定だった不動産取得税の優遇措置（土地・建物に対する標準税率を4％から3％に軽減）は、2012年3月末まで延長されました。

今回導入された「土地売却時の非課税制度」は、個人や法人が2009年〜2010年の間に土地を購入して、5年以上経過して売却した場合、売却益から1,000万円を上限に非課税にするというものです。
たとえば、個人や法人が2009年〜2010年の間に3,000万円の土地を購入して、5年以上経過してから4,500万円で売却したとします。この場合、売却益の1,500万円のうち1,000万円が非課税になります。残りの500万円（1,000万円を超えた部分の売却益）は、従来どおり課税対象となります（売却益に対して個人の場合20％、法人の場合22％〜30％が課税）。
また、土地の売買を行った際には所有権の移転登記をする必要があります。登記には登録免許税がかかり、その税率は通常2％ですが、2011年3月末まで1％に据置きされます。